Die Belastungen und die gesundheitlichen Folgen für die Patientin sollen so gering wie möglich gehalten werden. Seltene Komplikationen können jedoch – wie bei jedem anderen Eingriff auch – auftreten.
Nicht auszuschließen sind jene, welche im Zusammenhang mit jeder Schwangerschaft auftreten können (Fehlgeburt, vorzeitige Wehentätigkeit etc).

In dieser Hinsicht unterscheidet sich eine Schwangerschaft nach IVF in keiner Weise von einer "normalen" Schwangerschaft. Allerdings ist die Wahrscheinlichkeit einer
Mehrlingsschwangerschaft erhöht. Bei einem Transfer von zwei und mehr Embryonen kommt es in gut 20% der Fälle zu einer Zwillingsschwangerschaft, in 2% zu einer Drillingsschwangerschaft, falls drei Embryonen transferiert werden.
Rein theoretisch ist auch die Gefahr einer Bauchhöhlen- bzw.
Eileiterschwangerschaft nach einem Embryotransfer gegeben. Unter normalen Bedingungen, wenn eine Schwangerschaft ohne ärztliche Hilfe eintritt, liegt die Häufigkeit einer Eileiterschwangerschaft etwa bei 2%. Nach einem Embryotransfer steigt bei noch vorhandenen Eileiteranteilen dieses Risiko auf etwa 3% an.
Die typische Komplikation einer Hormonbehandlung ist die sogenannte "Überstimulation oder auch OHSS". Darunter versteht man die Größenzunahme der Eierstöcke mit Zystenbildung und Druckgefühl im Unterbauch, sowie selten auch die Einlagerung von Körperflüssigkeiten im Bauchraum oder sogar in der Lunge. In seltenen Fällen, vor allem bei eingetretener Schwangerschaft, kann deshalb ein kurzfristiger Krankenhausaufenthalt erforderlich sein. Die Überstimulation bildet sich von selbst zurück.